کتاب «منظومه فکری آیت‎الله العظمی خامنه‌ای» توسط پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی به قلم حجت الاسلام خسروپناه و جمع دیگری از پژوهشگران منتشر شد. درچهار بخش نظام‌های بینشی، نظام‌های منشی و کنشی، نظام‌های اجتماعی اسلام و اهداف اجتماعی اسلام تدوین شده است. نظام بینشی شامل منطق فهم اسلام، خداشناسی توحیدی، ولایت‌شناسی، اسلام شناسی، جهان‌شناسی اسلامی و انسان‌شناسی اسلامی است. نظام‌های منشی و رفتاری شامل نظام معنویت اسلامی، اخلاق اسلامی، نظام تربیتی اسلام و نظام عبادی اسلام است. نظام‌های اجتماعی اسلام شامل نظام فرهنگ اسلامی، نظام علمی اسلام، نظام مدیریت اسلامی، نظام سیاست اسلامی، نظام اقتصاد اسلامی، نظام حقوق اسلامی، نظام امنیتی ـ. دفاعی اسلام است و اهداف اجتماعی اسلام شامل استقلال اسلامی، عدالت اسلامی و پیشرفت اسلامی است.

این اثرنشان می‌دهد که فرمایشات معظم له از نظام هماهنگی برخورداراست به گونه‌ای که اجزائش یک کل نظام‌مند را تشکیل می‌دهد که ادامه‌دهنده گفتمان فکری علمای گذشته و استمراربخش گفتمان امام خمینی (ره) است و با رویکرد اجتهادی به مسایل معاصر می‌پردازد.